前3作と同じようにジョン・ウィリアムズが作曲した、『インディ・ジョーンズ/クリスタル・スカルの王国』の音楽である。サウンドトラックは2008年5月20日（日本では6月6日）にCDでConcord Records（日本ではユニバーサル ミュージック）から発売された。ライナーノートにはスティーヴン・スピルバーグからの手紙がついている。
このサウンドトラックでは（他のインディ・ジョーンズサウンドトラックとは異なり）これ自体のために記録された音楽が入っている。サウンドトラックでしか聞けない音楽がある。
"レイダース・マーチ"は別として、映画は前作と合わせた音楽がある。また、"アケトーへの旅"ではインディとマットはペルーへ行くまでにシリーズの典型的な音楽が流れるが、やがてナスカの街の音楽に変わる。
トラックのリスト[]
- レイダース・マーチ（Raiders March）
- クリスタルの誘い（Call of the Crystal）
- マットの冒険（The Adventures of Mutt）
- イリーナのテーマ（Irina's Theme）
- スネークピット（The Snake Pit）
- スカルの呪縛（The Spell of the Skull）
- アケトーへの旅（The Journey to Akator）
- キャンパス・チェイス（A Whirl Through Academe）
- 「リターン」（"Return"）
- ジャングル・チェイス（The Jungle Chase）
- オレリャーナのゆりかご（Orellana's Cradle）
- 墓泥棒（Grave Robbers）
- 秘密と黄金都市(Hidden Treasure and the City of Gold)
- 秘密の扉とサソリ（Secret Doors and Scorpions）
- オックスリーのジレンマ（Oxley's Dilemma）
- 蟻！（Ants!）
- 寺院と崩壊と明らかになる秘密（Temple Ruins and the Secret Revealed）
- 旅立ち（The Departure）
- フィナーレ（Finale）